核糖核苷酸(核糖核苷酸水解酶偏高)
嘧啶核苷酸的从头合成是先合成UMP,再从UMP衍生CMP和dTMP 。嘧啶环简单,所以合成步骤少,没有分支 。相对而言 , 在嘌呤环合成过程中,组氨酸合成释放的AICAR可视为一个分支 。
UMP合成途径 。引自《医学生物化学》杂志
两种常见的分子用于合成UMP:氨基甲酰磷酸(CP)和磷酸核糖焦磷酸(PRPP) 。前者是尿素合成的中间体,后者参与嘌呤、组氨酸和色氨酸的合成 。不过,这两种分子的用途和以前略有不同 。
PRPP作为嘌呤合成的初始“载体”,整个嘌呤环都是在磷酸核糖上合成的 。但在UMP的合成中,后期加入了磷酸核糖,嘧啶环的合成从CP开始 。这里,催化CP合成的酶是氨甲酰磷酸合酶2(CPS-2),它位于细胞质中 。CPS-1存在于尿素的线粒体中 。
细胞质中氨甲酰磷酸的合成 。引自《医学生物化学》杂志
CPS2催化谷氨酰胺和碳酸氢盐形成氨甲酰磷酸,消耗2 ATP 。与CPS1相比,直接消耗相同,但CPS1的底物是氨 。因为谷氨酰胺的合成还需要消耗ATP,所以这个反应消耗的比较多 。它的优点是摆脱了对氨的依赖,可以在低氨浓度的细胞质中进行 。
对人体来说,这两种CP还有一个区别:CPS1是一个独立的蛋白质,而CPS2是三功能蛋白质CAD的一部分 。CAD将催化该途径前三步的酶活性结合成一条肽链,即CPSase、ATCase(天冬氨酸转氨酶)和DHOase(二氢乳清酸酶),因此称为CAD 。
人类冠心病的基因结构和反应机制 。引自结构 。2016年7月6日;24(7):1081-94.
这种多酶融合可以提高催化效率,也是一种进化趋势 。哺乳动物的脂肪酸合酶(FAS)也是如此 。关于ATCase在原核生物中的活性,一些生物是单独催化亚基的三聚体,而另一些生物具有调节亚基或与DHOase结合 。
不同原核生物的ATCase结构 。引自结构 。2016年7月6日;24(7):1081-94.
ATCase活性催化氨甲酰磷酸与天冬氨酸(氨甲酰磷酸可视为氨甲酰基的活性形式)反应生成氨甲酰天冬氨酸 。PALA(N-膦酰基乙酰-L-天冬氨酸)是ATCase的过渡类似物,因此可以抑制CAD,是一种抗肿瘤药物 。
DHOase的活性是催化氨甲酰天冬氨酸(CA)两端的羧基和氨基反应生成闭环二氢乳清酸(DHO) 。Dh被二氢乳清酸脱氢酶(DHODH)催化脱氢生成乳清酸 。乳酸与PRPP反应形成乳清单磷酸(OMP),然后脱羧形成UMP 。
后两步反应也由双功能酶催化,其N端结构域具有乳清酸磷酸核糖转移酶活性,C端具有OMP脱羧酶活性,统称为UMP合成酶(UMPS) 。
尿嘧啶能产生胞嘧啶,但这个反应只能在NTP水平上进行 。因此 , UMP首先与2分子ATP反应生成UTP,然后在CTP合酶(CTPS)的催化下与谷氨酰胺和ATP反应生成CTP 。
CTP的合成引自《医学生物化学》杂志
【核糖核苷酸水解酶偏高 核糖核苷酸】DNA合成所需的脱氧核苷酸通过还原相应的核糖核苷二磷酸获得,即通过还原NDP产生dNDP 。催化这一反应的核糖核苷酸还原酶(RNR)是DNA合成和修复的关键酶,在调节DNA合成的总体速率方面起着关键作用 。
Rn由自由基机制催化,根据自由基产生的方式可分为三种 。第一类来自酪氨酸残基,第二类来自钴胺素腺苷,第三类来自糖基 。RN被催化后,其关键巯基形成二硫键,需要还原成游离巯基 。最终的电子供体都是NADPH , 但电子传递中间有两个系统,即硫氧还蛋白系统(TRX)和谷氧还蛋白系统(GRX) 。目前推测两个系统可以互为备份(World J Biol Chem 。2014年2月26日;5(1): 68–74.) 。
核苷酸还原酶系统 。引自《医学生物化学》杂志
DNA需要的胸腺嘧啶是尿嘧啶甲基化生成的,甲基化是在dUMP上进行的 。该反应由胸腺嘧啶核苷酸合成酶(TYMS)催化,通过使用亚甲基四氢叶酸作为甲基供体产生dTMP 。反式甲基四氢叶酸(THF)产生二氢叶酸(DHF),需要二氢叶酸还原酶(DHFR)再生 。可以通过UDP还原和脱磷,或通过dCMP脱氨作用产生DUMP 。
dTMP的合成引自《医学生物化学》杂志
还有一种嘧啶核苷酸合成的补救方法 。尿嘧啶可与PRPP或尿苷与1-磷酸核糖形成UMP , 然后UMP被尿苷激酶催化 。胞嘧啶不能与PRPP反应,但胞苷可以被尿苷激酶催化产生CMP 。而碱基脱氧核糖-1-磷酸可以通过磷酸化酶合成脱氧核糖核苷,然后通过脱氧核糖核苷激酶生成脱氧核苷酸 。
有些辅酶也属于核苷酸衍生物 。NAD的合成是烟酸与PRPP反应生成烟酸单核苷酸,再与ATP缩合生成烟酸腺嘌呤二核苷酸,最后被谷氨酰胺化生成NAD 。NAD激酶可以催化它产生NADP 。
FAD的合成是由黄素和ATP形成黄素单核苷酸(FMN),再由ATP形成FAD 。辅酶a的合成是泛酸与ATP反应生成4-磷酸泛酸,然后与半胱氨酸缩合脱羧生成4-磷酸泛酰巯基乙胺,再与ATP缩合生成脱磷酸辅酶a,最后被ATP磷酸化生成辅酶a 。
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