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许多蜘蛛，蟋蟀，壁虎和青蛙也失去了重要的食物来源 。研究人员跟踪喷洒微生物蚊子喷雾来追踪法国公园的毛脚燕，发现相较于控制组里，每一窝毛脚燕平均生三只雏燕，当地每窝平均只有二只雏燕 。
在蚊子消失后，大多数吃蚊子的鸟类可能会转向其他昆虫 。其他昆虫食物可能受影响较小 。例如，胃囊中的大多数蝙蝠蛾和蚊子都少于2％
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孑孓在全球水生态系中数量庞大，无论在池塘、树洞里，还是在旧轮胎里，都能见到它们的身影，有时数量之多，扭动时还会在水面产生大量气泡 。它们以腐叶、有机碎石及微生物为食，问题在于若无蚊子，其他生物是否能取而代之 。胡利安诺指出，许多生物都能处理岩屑，蚊子既非唯一、亦非最重要者，就像把机翼上一根铆钉拔掉，飞机也不会因此停止飞行 。
蚊子的影响力高低，取决于水域规模大小 。在北美东岸的猪笼草内部，孑孓是极为重要的一员，通常其中只有蚊、蠓、轮虫、细菌及单细胞动物存活于此，其他昆虫于水中淹死后，蛾会吃掉尸体，孑孓以剩余废物维生，为猪笼草制造所需的氮等养分，在这种情况下，消灭蚊子将影响植物生长 。
加拿大卡格里大学生态学家艾迪寇特于1974年发表论文，分析猪笼草内的捕食结构，认为若有孑孓，单细胞动物多样性会增加，他认为孑孓能维持各种单细胞动物数量平衡，但对猪笼草的影响则不清楚 。
有些人或许主张，蚊子能提供“生态服务”，让人类从大自然中获益 。美国罗格斯大学演化生态学家冯瑟卡指出，人类若受蚊蠓叮咬或感染，当然会希望除之而后快，但因为蚊蠓是可可等热带作物的传粉昆虫，消灭它们将导致世界没有巧克力可吃 。
若失去蚊子，数千种植物也将失去传粉昆虫，蚊子成虫以花蜜为食(仅某些种类的雌蚊得吸血，才能取得产卵所需的蛋白质) 。不过麦艾利斯特表示，对人类依赖的作物而言，蚊子的传粉功能没那么重要，“若蚊子存在具有益处，人类早已发现善用之道，但我们只希望蚊子离得愈远愈好” 。
如此看来，蚊子大抵只有一种功能超越其他生物，亦即从某人身上吸血后，再注入另一人身上，形成微生物病菌传染最佳途径 。
史帝曼指出，消灭有害蚊子后的生态后果即为人口增加，许多生命因此获救，更多人不会受疾病所苦 。据世界卫生组织估计，若撒哈拉沙漠以南非洲国家摆脱疟疾负担，国内生产总值能增长1.3％，加速社会发展 。世卫疟疾专家表示，医疗体系及科研院所压力将减轻，能将公共卫生经费挪至其他用途，学生缺课情形也会改善 。
佛罗里达医学昆虫学家罗尼波表示，消灭蚊子将暂时让人类减轻痛苦，不过他的研究显示，消灭一种病媒后，另一种很快就会替补 。研究团队于当地捕捉带有黄热病的雌蚊后，发现病媒变成带有多种疾病的白线斑蚊，证明昆虫会相互取代 。
由于蚊子传染的疾病造成庞大人道及经济后果，多数科学家都支持即使人口会增加，也要改善民众健康，纵然扑灭蚊子可能造成连带影响，或是强调每种生物在自然界都有其必要角色，也很难说服社会大众 。而且灭蚊之所以困难，并不是因为人类不想灭蚊，而是灭蚊方式受限 。
人类今日不断让鲔鱼、珊瑚等有益物种濒临灭绝，却无法威胁蚊子的存亡 。美国昆虫学家柯隆表示，蚊子并未在环境中扮演任何重要角色，若蚊子明天灭亡，生态环境也会继续演进，其他生物也会取代蚊子，当然好坏不知道 。
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