17世纪，准噶尔（蒙古的一支）叛乱，并攻打外蒙古 。1697年 ， 清军击败了准噶尔，控制了新疆东部 。雍正皇帝时，贵州东南部新辟疆土亦称新疆 。当时，西域新疆和云南、四川、贵州等地新纳入清王朝统治之下的地域，统称“新疆六厅” 。
1884年（光绪十年） ， 清政府发布新疆建省上谕，设立新疆省，由巡抚统管全疆各项军政事务，在新疆实行与中国内地一样的行政制度 。刘锦棠被任命为首任新疆巡抚，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐） 。
【中国清朝时期的新疆是怎样的】1892年 ， 俄国强占了中国清朝新疆西南萨雷阔勒岭以西2万多平方公里的领土（见沙俄侵占帕米尔事件） 。清朝对新疆的经营 ， 无论是规模和范围皆远胜从前历代，社会经济得到前所未有的进步和发展 。至1909年（宣统元年），新疆省下辖4道，道以下共隶有6府、10厅、3州、21个县或分县 。
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