1、幼苗带菌 。辣椒本身根系较浅，不同于番茄和黄瓜的根系，所以在育苗时应该以养根为主，如果苗床没有做好消毒工作，那么苗期就会出现旺长现象 。如果在引苗时待病菌，辣椒幼苗成活率必然很低，所以在引苗时不能只看品，还需观察幼苗发育情况 。
2、土壤盐害 。农户长期使用化肥，造成有机质含量过低，土壤透气性较差，而土壤板结也是造成辣椒苗期成活率低的原因之一 。而有些农户使用的农家肥未完全腐熟就施入，或者是过量使用氮肥，土壤盐渍程度严重，造成幼苗成活率低 。
3、多年连作 。多年连作造成土壤中的病原菌和虫卵累积严重，这些地块时非常不利于辣椒生长的，而如果和非十字花科的蔬菜实行三年以上的轮作，那么成活率会大大的提高 。
4、浇水过大 。在辣椒苗期一般不要采取大水漫灌，应该小水勤浇，高垄栽培，浇水过多会造成土壤湿度过低，尤其是低垄走，极易出现缺氧沤根现象，造成辣椒烂根 。
5、虫害 。一般用农家肥的地块虫害都比较养殖，地下害虫会对辣椒幼苗直接造成伤口，加强病菌的侵染，从而造成辣椒死棵 。
【辣椒移栽后死棵是什么原因】如何防止辣椒移栽后死棵
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