国际贸易主要在世界贸易组织（WTO）体系内进行，世界贸易组织法有关疫区的规定，主要在《关贸总协定》（GATT）第２０条一般例外和《实施卫生与植物卫生措施协议》（SPS协议）中 。世界卫生组织对于“疫区”的标准及其认定，与世界贸易组织有一定的影响，但是国际贸易主要是在世界贸易组织法框架下进行 。
一、世界贸易组织SPS协议的宗旨和目的
1947年GATT允许缔约方采取卫生和植物卫生措施的目的是保障人类和动植物安全，规定不得构成任意或不合理的歧视 。由于在实践中，一些缔约方滥用该措施，阻碍了正常的国际贸易 。在“乌拉圭回合”中，达成了SPS协议，同时在《农业协议》中设有专门条款，WTO成员同意执行《实施卫生与植物卫生措施协议》 。
卫生与植物卫生措施是指成员方为保护人类、动植物的生命或健康而采取的任何措施 。措施涉及食品安全（如添加剂、毒素、污染物等）、动物卫生和植物卫生三个领域，包括保护人类生命免受食品和饮料中的添加剂、污染物、毒素及外来动植物病虫害危害；保护动物和植物生命免受饲料中的添加剂、污染物、毒素及外来病虫害危害等 。
SPS协议允许所有实施保护人类、动物和植物生命或健康的措施；指导WTO各成员制定、采用和实施卫生与植物卫生措施，将这些措施对贸易的影响减少到最低程度；建立由规则和纪律构成的多边框架，以引导卫生和植物检疫措施的制订、采用和实施，尽量减少其对贸易的负面影响 。
二、世界卫生组织规定与世界贸易组织规定的关系
世界卫生组织根据《国际卫生条例（2005）》，界定构成“国际关注的突发公共卫生事件”需要满足三个条件：此类事件应是严重、突然、不寻常、意外的；对公共卫生的影响很可能超出受影响国国界；可能需要立即采取国际行动 。但这种国际行动主要是旅游限制和加强输入性病例的监测和管理 。在2019年处理埃博拉病毒时，甚至建议各国不应该关闭国境或对旅行和贸易有任何限制，因为实施限制措施会迫使人员和商品的流动在未被监管的非官方边境地区进行，反而增加了疾病传播的机会 。这些限制措施还会阻碍当地经济的发展，从安全和物流方面对响应行动造成负面影响 。
世界卫生组织是基于卫生角度进行国际协调，并不直接规定国际贸易规则 。国际贸易依据的SPS协议规定了各成员可以实施或维持比以有关国际标准、准则或建议为依据的措施所提供的保护水平更高的动植物卫生检疫措施，但要有科学依据，或者一成员根据风险评估规定，认为该措施所提供的保护水平是合适的 。也就是说，各国应尊重世界卫生组织的专业认定，尽可能不超出保护水平 。但如果有科学依据，也可以自行制定更高的保护水平 。
三、疫区及其对产品的影响
病虫害“非疫区”和病虫害“低度流行区”的概念对农产品贸易至关重要 。一个国家非疫区里生产的产品不会受进口检疫的限制 。
在进行风险评估时，各成员应考虑现有的科学依据；有关的工序和生产方法；有关的检验、抽样和测试方法；某些病害或虫害的流行；病虫害非疫区的存在；有关的生态和环境条件；以及检疫或其他处理方法 。
根据SPS规定：病虫害“非疫区”是指，政府检疫机关经检疫某种病虫害在一个地区没有发生，该地区即为非疫区 。例如地中海实蝇或口蹄疫在韩国某时期没有发生，则该时期韩国为非疫区 。病虫害“低度流行区”是指检疫性病虫害发生水平低，已采取有效监测、控制或根除措施，并经有关国家主管机关确认的地区 。确定一个病虫害“非疫区”和病虫害“低度流行区”的大小，要考虑地理、生态系统、流行病监察以及卫生与植物卫生措施的效果等因素 。协议将“非疫区”定义为一经主管当局认定，某种有害生物没有发生的地区，这可以是一个国家的全部或部分，或几个国家的全部或部分 。出口成员声明其境内某些地区是病虫害“非疫区”和病虫害“低度流行区”时，应提供必要的证据等 。
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