在反相液相色谱中，固定相的极性小于流动相，洗脱顺序取决于溶质分子的疏水性，疏水性强的保留时间长 。
【反相高效液相色谱的原理】反相高效液相色谱是由非极性固定相和极性流动相所组成的液相色谱体系，它正好与由极性固定相和弱极性流动相所组成的液相色谱体系相反 。RP-HPLC的典型的固定相是十八烷基键合硅胶，典型的流动相是甲醇和乙腈 。RP-HPLC是当今液相色谱的最主要的分离模式，几乎可用于所有能溶于极性或弱极性溶剂中的有机物的分离 。反相色谱法适于分离非极性、极性或离子型化合物，大部分的分析任务皆由反相色谱法完成 。
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