在96话中，服部平次发现了毛利小五郎和柯南的秘密，随后知道了柯南的真实身份 。
在福尔摩斯杀人事件中，刚开始柯南、小兰和小五郎参加了福尔摩斯旅行团，但此次旅行的主办人旅店的老板金谷，被人锁在车里推下山崖还引发的爆炸，而被孤立无法与外界联系的旅客，因为不希望再出现死者，都集合在旅店房间里，说自己已经知道凶手是谁的绫子，在车库里爆炸身亡，就在大家讨论谁是凶手时，突然停电，藤泽被某人用碎冰锥刺伤 。
【服部平次什么时候知道柯南是新一】凶手看似打破窗户逃了出去，但柯南和服部发现凶手就在屋内，并且否定了凶手是老板的猜测，而刚才的停电也是人为的 。期间，服部一直很在意柯南的种种反应，对柯南产生了怀疑 。事件渐渐明晰，服部和柯南知晓了凶手是谁以及他杀死老板和绫子的手法 。为了保护自己是工藤的秘密，柯南将服部麻醉说出真相，可让他没想到的是，就是这个举动让服部肯定了柯南就是工藤 。
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