1、研究生有以下专业：科学技术哲学人口、资源与环境经济学金融学产业经济学国际贸易学金融国际商务经济法学社会学马克思主义基本原理思想政治教育社会工作外国语言文学翻译专门史数学化学地图学与地理信息系统海洋科学植物学动物学水生生物学微生物学遗传学发育生物学细胞生物学生物化学与分子生物学生物物理学科学技术史生态学机械制造及其自动化机械电子工程机械设计及理论车辆工程检测技术与自动化装置计算机科学与技术发酵工程农业机械化工程农业生物环境与能源工程农业电气化与自动化环境科学环境工程食品科学与工程风景园林学机械工程化学工程农业工程环境工程食品工程生物工程物流工程作物栽培学与耕作学作物遗传育种果树学蔬菜学茶学土壤学植物营养学植物病理学农业昆虫与害虫防治农药学动物遗传育种与繁殖动物营养与饲料科学动物生产学动物生物工程基础兽医学预防兽医学临床兽医学园林植物与观赏园艺水产养殖渔业资源草学作物园艺农业资源利用植物保护养殖草业渔业农业机械化农村与区域发展农业科技组织与服务农业信息化食品加工与安全种业兽医风景园林中药学管理科学与工程会计学企业管理旅游管理技术经济及管理农业经济管理行政管理教育经济与管理社会保障土地资源管理图书馆学情报学工商管理公共管理会计南京农业大学具有良好的研究生培养条件和指导力量，是“211工程”和教育部“985优势学科创新平台”建设单位 。
2、现有4个一级学科国家重点学科，3个二级学科国家重点学科，1个国家重点培育学科，8个学科入选江苏高校优势学科建设工程项目，5个江苏省一级学科重点学科 。
3、有13个博士后流动站、16个博士学位一级学科授权点、32个硕士学位一级学科授权点，培养研究生的学科专业涉及哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学和管理学等10个学科门类 。
4、有博士研究生指导教师410余人，硕士研究生指导教师1000多人，有国务院学位委员会学科评议组成员12名，全国专业学位教育指导委员会委员5人 。
5、2000年开始专业学位研究生培养，有兽医博士、兽医硕士、农业硕士、工程硕士、公共管理硕士、工商管理硕士、风景园林硕士、会计硕士、金融硕士、翻译硕士、国际商务硕士、社会工作硕士、中药学硕士、法律硕士和图书情报硕士等15种专业学位授予权 。
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