从属不同：牡蛎的种类有很多，生蚝是其中的一种，可以说生蚝是牡蛎，却不能说牡蛎是生蚝，两者是从属关系，是生蚝从属于牡蛎 。
个头不同：生蚝的个头较大，大生蚝加上可重量可以达到一斤多；而其他品种的牡蛎的个头很小，有成人的一小节拇指那么大 。
生长环境不同：生蚝一般生活在比较少见的江河和大海的交汇处，在半咸半淡的内湾浅海上，由于生长环境有所限制，所以产量很少；而牡蛎在我国自渤海、黄海至南沙群岛均产，约有20种 。
肉质颜色不同：生蚝的肉质是乳白色的；而有些品种的牡蛎肉质是淡青色的 。
【牡蛎与生蚝的区别】含锌量不同：生蚝的含锌量很高，每一百克的含锌量为71.2毫克，比牡蛎高出了七八倍，被称为“海里的牛奶” 。
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