铁门关地处塔克拉玛干沙漠边缘，天然植被类型少、结构单纯，是中国植物种类最贫乏的地区之一 。在植被区划中属暖温带灌木、半灌木荒漠区，分为河岸落叶阔叶林、温性落叶阔叶林灌丛、荒漠小乔木、半灌木、荒漠小半灌木、典型草甸、草本沼泽等植被类型，分属26科63属86种 。主要优势种有胡杨、沙枣、箭杆杨、新疆杨；灌木以柽柳属植物、铃铛刺、黑刺、白刺、梭梭为主；草本植物以芦苇、大花罗布麻、胀果甘草、花花柴、疏叶骆驼刺为主 。
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