3.释义性注释
释义性注释，也叫“说明注”、“内容注”，指当作者认为应该对正文中所提到的术语、资料、人物、事件或所讨论的议题作进一步的附带说明、评论或引申，而又担心在正文中提及会影响行文顺畅简洁，或担心打断读者思路时，通过注释的形式所做的说明性文字 。
4.引文注释
引文注释，也叫“引文注”、“引文出处注释”，指对文章所引用的文献的出处(具体文献信息)所作的标明 。在功能上与文后的参考文献尽管同属参考文献，但二者之间又有细微的不同 。例如，引文注释就同一文献可以在文中出现多次，而文后的参考文献只列一次;引文注释需要一般注明所引用文字在一文献中的具体出处(页码、边码等)，而文后的参考文献只需列明文献的基本信息即可;引文注释可以采用节略形式(如同前注等)，而文后的参考文献一般不可以节略列写 。
5.其他
从严格意义上讲，尽管只有这四种分类，但实践当中，却也出现了两种混合型注释 。一种是标题注释与作者注释的混合，即在作者信息之后直接(或另起一行)说明文章所受资助指导并表达谢意的做法 。另外一种是释义性注释与引文注释的混合，即在作释义性注释时，评论、引申过程中又提及其他相关文献，或者在作引文注释时，又附带作了相关说明、评论或引申 。这两种做法，在当前一些作者写作和学术期刊中都比较常见 。论文写作中，释义性注释、引文注释以及二者混合型注释问题比较多，尤其是对于刚刚接触学术写作的本科生、研究生而言 。
(二)根据所处位置的不同
除了上面的分类方法，还可以根据在论文中所处位置的不同，将注释分为脚注、尾注、脚注尾注结合注和夹注 。
1.脚注
脚注指将当页的注释放在当页的页脚(也叫“页末”、“地脚”)位置 。对于脚注的编号，通常有全文连续编号、每页重新编号和每节重新编号三种方式 。全文连续编号的好处在于可以使读者或编辑对文章的注释量一目了然，如《中国法学》、《法学研究》就采取这种编号方式，但是弊端在于可能会遇到一定的技术困难，如①②③形式的符号，一般常用的Word软件不支持输入20以后的符号，只能有待出版社专业的排版软件作技术处理 。与之相反，每页重新编号，尽管不易使人对文章的注释量一目了然，但可以规避这种技术问题，如《中国社会科学》、《法商研究》采用的就是这种编号方式 。每节重新编号，一般用于使用分节符的章节型写作(如硕博论文或著作写作)和期刊对论文的编排过程 。
2.尾注
尾注指将全文的注释放在全文(或章节)的结尾位置 。一般来说，尾注按照注释在文中出现的顺序先后排列 。作为注释，尾注和脚注一样都是对正文内容的一种补充说明，或许为了读者更为集中阅读正文内容，保证阅读的连贯性，或许是出于集中排版缘故，有一些刊物(如《管理世界》)就采用这种编号方式 。但阅读正文的同时附带性地结合注释尤其是释义性注释来帮助理解，似乎也是一种比较普遍的学术阅读习惯 。
脚注与尾注在一般Word排版软件中，可以相互转化 。因此写作中究竟是采用脚注形式还是尾注形式，一般根据个人写作习惯和期刊要求为准，临时转化倒也不是特别困难的问题 。
3.脚注尾注结合注
脚注尾注结合注指的是将释义性注释采用脚注形式，而引文注释则采用尾注形式的一种混合型注释方式，如《法律科学》就采用的这种方式 。这种注释编排的方式受当时我国期刊数字化的政策影响有关，如当时及此后不断修改的《文后参考文献著录规则》、《〈中国学术期刊(光盘版)〉检索与评价数据规范》以及教育部下发的《中国高等学校社会科学学报编排规范》等规则 。2002年，《中国社会科学》上一篇题为《学术论著注释和索引的规范与功能》的文章指出：“学术界曾广泛存在着对释义性注释和引文注释不加区分地统称为注释(notes)而混杂作注的现象，对文献引证分析不利 。于是后来出现了二者单列的趋势”，强调题目、作者及释义性注释均用脚注出现在当页，释义性注释也可用尾注出现在篇末或在书末编号作注，并指出这些注释与“与文献引证注释(即参考文献)分属两个系列” 。但随着时间发展，这种注释很是麻烦，不易操作，无论是作者写作还是编辑编排中都需要同时注意区别释义性注释和引文注释，也容易忽略释义性注释中的引文注释 。因此，除了一些高校学报外，其他学术期刊已经很少用这种注释方式 。
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