他反对用巫术治病，扁鹊晚年在秦国行医时，秦武王嬴荡即位当了秦王（前310——前307年在位） 。武王体弱多病，他早就听说扁鹊医术十分高明，想请他为自己治病 。以太医令李醯为首的巫医知道了这件事，怕一旦扁鹊进了宫，被秦王留在太医府 。他们先是极力阻挠扁鹊进宫，“自知技不如扁鹊也，使人刺杀之 。”
一代名医扁鹊就这样含恨而逝 。
据《汉书》记载，扁鹊著有《扁鹊内经》九卷、《外经》十二卷，已经失传 。现在传下来的只有《难经》一书，原名《黄帝八十一难经》 。全书以问答形式，阐述《内经》 。内容分为中医生理、病理、诊断、治疗等六大类 。特别是他提出的取寸口（手腕）切脉法，一直沿用至今 。
诗曰：
望闻问切法，
诊疾特灵验 。
身遭巫医害，
技艺至今传 。
附录
扁鹊故事
起死回生
还有一次，扁鹊带着他的徒弟行医来到虢国 。一进城就听百姓们议论说，昨天夜里太子突然去世了，王宫正在为太子办丧事 。他急忙来到王宫，果然见白幡已经挂起来了 。他向办丧事的几个大臣问了一下太子是怎么死的，大臣们告诉他，昨天太子还好好的，不知怎么，夜里突然就去世了 。他觉得太子的死有些蹊跷，就请求进宫看看太子 。
侍卫说什么也不让进，喝斥他：“捣什么乱？宫里那么多名医都没救得了，人已经死了，你能起死回生吗？胡言乱语说什么废话？滚开！”扁鹊并不发火，耐心请求说：“我是个医生，天职就是救死扶伤 。公子去世那么突然，不一定是真去世了 。大王怎么能这么快就给太子办丧事呢？不行！我一定要亲自看看 。”两人正在外面纠缠，有大臣就禀报了国王 。
国王听说有医生能救儿子性命，就命人让扁鹊进来看看 。
扁鹊先把一缕丝线放在太子鼻孔上，见那丝线稍微动了动 。又摸摸太子的脉和胸口，觉得太子的脉相虽然很弱，可人并没有死，可能只是昏厥（休克）过去 。
就用针在他头顶的囟门、胸部、手和脚扎了几针，又用热手巾在他胸口做了热敷 。不大一会儿，太子果然睁开了眼晴，苏醒了过来 。
全家人十分感激 。
扁鹊又留在宫里为太子调治了二十多天，太子终于康复了 。
从此，百姓们盛传，扁鹊先生真是神医，有起死回生之术呢 。
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